SpoilerPrologue :
 
L’humanité est à l’aube de l’annihilation. Une attaque de la flotte d’une race alien inconnue, surnommée à juste titre les Annihilateurs, a détruit ses dernières lignes de défense spatiales. L’anneau de voie lactée, fait de satellites de combat a explosé sous les tirs nourris des Annihilateurs. En quelques assaut, la flotte des Annihilateurs avait déjà rasé la flotte de guerre terrienne, basée sur Mars I. Et la flotte de secours, venue de Pluton II, subit ensuite le même sort que la flotte principale. Les combats ont été d’une intensité inouïe et les vaillants capitaines et marins des flottes terrestres ont beau eu mettre tout leur cœur et leur courage dans la bataille, la technologie des Annihilateurs et leur nombre eut très vite raison d’eux.
 
Alors que l’Alliance s’attendait à une invasion terrestre imminente et se préparait à livrer un combat héroïque, la flotte des Annihilateurs est restée en orbite autour de la Terre, sans envoyer de vaisseaux à la surface. Au lieu de cela, des espèces de capsules bio-mécaniques ont été larguées dans l’atmosphère et ont explosé une fois parvenues à quelques kilomètres de la surface terrestre. Un étrange gaz violet se répandit très vite dans l’atmosphère terrestre et retomba en fine gouttelettes sur les principales cités humaines. Ce fut le début de ce qu’on désigna sous le nom de la grande Marée pourpre.
 
Les relais géodésiques étant devenus dysfonctionnels depuis l’invasion des Moissonneurs et leur élimination, le seul moyen de se déplacer sur de grandes distances était le vol dans l’espace parallèle, toutefois beaucoup plus lent. Ceci limitait grandement la venue de secours de la part d’autres races extra-terrestres de la Galaxie. Toutefois, une flotte turienne d’intervention put être dépêchée vers la terre. Mais alors qu’elle approchait de cette dernière, un grand vaisseau des Annihilateurs généra une distorsion dans l’espace qui la dispersa dans l’espace parallèle.
 
 
Le Génomorphe :
 
Lors de la grande Marée violette, les habitants des cités les plus grandes de la Terre furent exposés à un gaz très dense, qui provoquait de violentes toux et nausées. Cela semblait bénin, mais les gouvernements craignant une pandémie, imposèrent le port du masque et cherchèrent activement un remède. Toutefois le pire était à venir.
 
En effet, lors de leur recherche, les scientifiques travaillant sur des sujets malades, découvrirent que leur génome était en train de muter, sans qu’on puisse l’expliquer. Bientôt, une partie croissante de terriens montra des signes d’une agressivité anormale. Certains se mettaient même à attaquer sans raison leur concitoyens. Et ce n’était pas fini.
 
Ceux qui montraient des signes d’agressivité perdirent bientôt leurs esprit et devinrent plus ou moins ce qu’on appelle communément des zombis. Apparemment, les extra-terrestres, butariens, galariens, asari et autres, n’étaient pas touchés par l’infection. La population était terrorisé, et les forces de l’ordre débordées. Dans toutes les villes où le phénomène avait lieu, la loi martiale fut décrétée et les militaires tiraient à vue sur les infectés. Le chaos s’installa.
 
A la recherche d’un remède contre l’infection appelée Génomorphe, les scientifiques découvrirent que les mutations du génome humain ne s’arrêtaient pas là. L’éminent professeur galarien Dotus, issu du GSI, fut le premier à prédire que de profonds changements allaient se produire dans la morphologie humaine des infectés. Tous cherchaient activement à comprendre pourquoi seuls certains étaient touchés par le Génomorphe, ce qui aurait ouvert une piste pour lutter contre ce dernier.
 
Les prédictions du Professeur Dotus s’avérèrent rapidement être juste et bientôt certains infectés développèrent des mutations sérieuses, telles que l’apparition d’appendices codaux, de membres supplémentaires et montraient une peau squameuse proche de celle des poissons. Ces infectés étaient encore plus agressifs que les précédents et l’horreur étai à son comble. De plus, si leur hôte avait des pouvoirs biotique, l’infecté muté était toujours capable de s’en servir. Maintenant c’était au tour de l’armée d’être débordée.
 
Les infectés au stade le plus avancé des mutations eurent bientôt ce qui pouvaient ressembler à une carapace, proche de celle que peuvent avoir certains insectes, et les plus agressifs virent leurs bras et autres appendices dotés de serres tranchante comme le plus solide des aciers. Montrant une force et une vitesse impressionnantes, la chasse à l’homme commença et son extermination totale commença à être envisagée, les recherches pour endiguer ce phénomène ne donnant rien de significatif.
 
 
Les survivants :
 
Alors que la totalité des grandes villes de la planète étaient en proie au chaos le plus complet, les rescapés du Génomorphe tentaient de fuir dans les zones rurales encore restantes sur Terre pour se protéger des infectés. Toutefois la plupart n’avaient pas cette chance et devaient se terrer pour survivre. Des abris de fortune, commissariats, prisons ou caserne militaires désaffectées, ainsi que les hôpitaux étaient utilisés de partout pour se cacher. Les plus grands immeubles étaient investi et cloîtrés pour empêcher toute menace des infectés d’y pénétrer. Des communautés se formaient ainsi.
 
Pour permettre la survie de ces communautés, des bandes de survivants, plus aguerris que les autres, anciens policiers, militaires ou pompiers, effectuaient des sorties, au péril de leur vie, pour aller chercher des vivres, du matériel de soins, ou même des armes, seules garantes des moindres chances de survie face aux infectés. Les bandes de différentes communautés étaient en compétition entre elles pour ces précieuses ressources, ce qui ne faisait qu’augmenter le chaos ambiant et rendait la survie de chacun encore plus précaire.
 
La coordination au niveau planétaire ou même des cités entre les communautés était quasi-inexistante et chacune devait se débrouiller pour survivre. La plupart des moyens de communication avaient été rendus inopérants avec la destruction des satellites par la flotte des Annihilateurs. Les survivants devaient employer des moyens de fortune tels que des talkies-walkies militaires, des signaux lumineux en morse ou même des signaux de fumée pour communiquer entre eux. Ainsi des formes d’échanges commerciaux pouvaient exister entre communautés, armes contre matériel médical se troquait par exemple. Toute monnaie avait pour ainsi dire disparue, et ce qui faisait maintenant office de devise officieuse était le paquet de cigarettes euphorisantes, qui permettaient de tenir le choc psychologiquement dans de telles conditions de vie au milieu des abris.
 
Pour ces précieuses denrées, et pour ces fameux paquets de cigarettes, les bandes devenaient sans foi ni loi et se livraient aux pires exactions. Certaines bandes s’organisaient pour attaquer une communauté entière et la piller. Certaines, laissées quasiment sans défense par leurs bandes en vadrouille, étaient complètement rasées, leur population en grande partie massacrée ou réduite en esclavage par des bandes ennemies. Un esclave de bonne qualité se vendait à bon prix et des marchés aux esclaves étaient même organisés au sein des communautés de survivants.
 
Les communautés les mieux organisées étaient souvent des reliquats de grandes organisations d’avant la grande Marée violette, au sein desquelles la hiérarchie était déjà établie. Par exemple, lorsqu’une grande compagnie disposait d’un gratte-ciel comme siège social, les employés encore vivants s’y retrouvaient souvent pour y former une communauté. Les anciens agents de sécurité et pompier de service formaient la milice de la communauté et les bandes d’exploration tandis que le reste de la communauté organisait son bon fonctionnement.
 
Toutefois, se regrouper en communauté n’avait pas que des avantages, car les infestés dotés de ce qui ressemblaient à un nouvel esprit de ruche par leurs mutations attaquaient spécifiquement ces lieux de rassemblement. Ainsi, souvent, une communauté devaient faire face à une vague d’assaut des infestés, ce qui pouvait s’avérer fatal pour la communauté. Ainsi, pour éviter ce genre de fin, certaines communautés avaient choisi les dures conditions de la vie dans les égouts. Mais, bien que moins nombreux, les infestés y étaient aussi présents.

SpoilerL’Alliance :
 
Aux premières lignes de la recherche sur le Génomorphe, ses efforts ne purent aboutir à temps, avant que celui ci ne prit des proportions démesurées. Il en fut de même pour la catastrophe qui s’ensuivit. Alors que les hauts responsables de l’Alliance, comme le renommé Amiral Anderson se réfugiait dans des abris sous-terrains dans des zones non contaminées, le système fut vite débordé. Dans la plupart des villes les communications furent rompus.
 
L’Alliance était la plus grosse organisation militaire de la terre et elle disposait de moyens considérables. Mais la plupart de ses troupes étaient stationnées dans les grandes cités infestées par le Génomorphe. Et plus de la moitié de ses soldats furent contaminés, devenant de vrais bombes vivantes, armées et agressives. Ces infectés tiraient sur tout ce qui bougeait et les restes de leur discipline militaire faisaient qu’ils opéraient en escouade, comme quand c’étaient de vrais soldats.
 
Alors que les principaux centres de recherche de l’Alliance étaient transférés dans les zones épargnées par le Génomorphe, les recherches continuaient bon train. Et finalement, le fameux savant, le Pr. Dotus réussit à identifier le gène qui rendait insensible au Génomorphe, très minoritaire dans la population. Tous les soldats de l’Alliance exilés dans les zones rurales furent soumis à un test génétique visant à savoir si ils étaient immunisés ou non.
 
Ceux qui l’étaient subirent un entraînement intensif à la survie et à la guérilla urbaine et furent dépêcher sous forme de commandos dans les cités majeures pour tenter de reprendre les points stratégiques. Pour beaucoup se fut la signature de leur arrêt de mort. Pour la quasi-totalité du reste, le choix s’imposa très vite d’abandonner leur mission et d’adopter le mode de vie des autres survivants. Alors que certains rejoignaient des communautés pour leur apporter leur expérience du combat, certains s’organisèrent en groupe solitaire.
 
Ainsi l’Alliance perdit tout à fait le contrôle sur la situation dans les grandes cités humaines. Quelques commandos d’élite furent dépêcher sur des lieux de haute importance, telle que les relais de communication à grande portée, car ils étaient nécessaire à la coordination des actions de l’Alliance. Seul restait à l’Alliance le contrôle des zones rurales. Le recrutement alla bon train parmi les populations civiles de ces zones, dans l’espoir de trouver un remède au Génomorphe et de former une armée à même de réinvestir les villes pour en reprendre le contrôle et préparer la défense face à une attaque alien.
 
 
Cerberus :
 
Alors que l’homme trouble avait péri face au Commandant Shepard dans la Citadelle investie par les Moissonneurs, celui avait déjà tout prévu pour sa succession. En effet, fort de l’expérience acquise lors de la résurrection du Commandant Shepard avant la guerre contre les Récolteurs, Cerberus avait pu récupérer son corps et le transporter sur sa base secrète cachée sur la Lune. Les scientifiques les plus éminents de Cerberus, tous humains dans cette organisation pro-humaine se mirent à la tache pour le ressusciter.
 
Bien que Mademoiselle Lawson manquait à l’appel comme superviseur expert des opérations, les scientifiques de Cerberus utilisèrent les mêmes procédés que pour Shepard, ajoutant grands renforts d’implants biotech. Et après deux ans de travail, un nouvel homme trouble était né. La technologie des Moissonneurs avait même été mise à profil pour la synthétisation de certains membres, et, si le nouvel homme trouble avait bien le même cerveau que sa version précédente, son corps, quant à lui, n’en était qu’un vague souvenir.
 
Maintenant, le nouvel homme trouble était bien décidé à profiter de l’invasion alien pour prendre le contrôle de la terre et repousser les envahisseurs à sa manière. Alors que le plus gros des agents de Cerberus était localisé sur la Lune ou sur des colonies humaines éparpillées dans la Galaxie, il était hors de question de les exposer au Génomorphe pour les perdre aussi rapidement que ce qui était arrivé aux soldats de l’Alliance.
 
Alors que le gaz diffusé par la grande Marée pourpre instillant le Génomorphe était capable de traverser n’importe quel type de respirateur moderne grâce à sa taille nanométrique, les scientifiques de Cerberus mirent très vite au point un procédé qui permettait de l’éliminer avant qu’il atteigne le système respiratoire de ceux qui portaient une combinaison Cerberus modifiée en conséquence.
 
Ainsi de nombreux commandos d’agents Cerberus furent formés et envoyés sur la Terre pour prendre les points stratégiques laissés à l’abandon par l’Alliance. Profitant de l’alignement entre la Lune, la Terre et la flotte Alien, restée proche de Mars, Cerberus envoya même de plus larges vaisseaux sur terre, dans les zones rurales. Ceux-ci avaient pour mission de recruter un maximum d’humains en état de se battre pour commencer à construire une armée.
 
L’homme trouble savait qu’il était vain d’essayer de lutter dans l’espace contre la flotte alien, qui avait montré une supériorité écrasante sur les flottes de l’Alliance. Ce, d’autant plus que Cerberus était loin de disposer d’un tel Armada. Son plan était donc d’organiser une défense terrestre efficace en prévision d’un très probable débarquement alien dans les semaines ou mois qui allaient suivre. Et pour cela il lui fallait un maximum de ressources telles que des usines, ou des centres de recherche et de communication.
 
En effet, son plan était basé sur l’hypothèse que la supériorité des aliens ne résidait que dans l’espace et que leur stratégie était d’affaiblir la Terre au maximum grâce au Génomorphe, en détruisant ainsi ses systèmes de défense et toute forme de résistance. Ensuite, une fois que les forces terrestres étaient réduites à leur minimum, les aliens en profiteraient pour débarquer et finir le nettoyage.
 
Ainsi Cerberus cherchait au mieux à remettre sur pieds les centres de production d’armes aux-quelles il ajoutait des éléments de technologie des moissonneurs. En parallèle, l’homme trouble avait voulu profiter de l’expérience des Quariens en matière de synthétiques et d’Intelligence artificielle pour monter une armée de soldats synthétiques non susceptibles de se rebeller contre leurs créateurs, en se basant sur la première IDA intégrée au Normandy de Cerberus. Mais pour cela, il fallait à l’homme trouble de nombreuses usines reconverties dans ce type de production. Cerberus allait il réussir à mener à bien ses plans ? Peut-être l’avenir de l’humanité en dépendait-il.